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日立とNVIDIA、東大医科研ヒトゲノム解析センターの解析基盤強化を支援

 東京大学医科学研究所(以下、東大医科研)ヒトゲノム解析センターは、全ゲノムシークエンスデータ解析の大幅な高速化のため、日立製作所(以下、日立)とエヌビディア(以下、NVIDIA)の協力のもと、最新型のヒトゲノム解析用スーパーコンピュータシステムSHIROKANEに、NVIDIA Clara Parabricks(Parabricks)を全面導入することを発表した。

 2020年2月にSHIROKANEに搭載されたデータセンター向けのGPUサーバ80基のうち16基にParabricksを導入し、2020年6月から、研究機関やライフサイエンス関連企業などSHIROKANEユーザーに開放。ユーザー数が増加したことから、解析のジョブ待ちが多数発生するなど、基盤強化が求められていたという。

 今回、GPUサーバー(DGX A100)を新たに増設するとともに、全88基のGPUサーバにParabricksを搭載し、一般的なCPU環境で1サンプル当たり20時間以上を要する計算処理を30分以内で完結できる、解析基盤の強化を実現している。この全面導入にあたり、日立は、既存システムとの連携を考慮し、SHIROKANEの一部として最大性能が発揮できるよう構成の最適化を行ったという。

 日立は、新型コロナウイルス対策などの社会課題にも対応するため、ゲノム解析基盤やオープンソースソフトウエアの構築技術と最新技術を組み合わせ、Society 5.0時代のゲノム情報を活用した個別化医療の実現に寄与するとしている。

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