従来の「FinalCode」では、1つ1つのファイルを暗号化することでセキュアな環境を提供していたが、保護されているが故に、暗号化された複数のファイルを同時に開き、相互に参照しながら業務を行うことが仕組み上できず、利便性に課題があったという。
そこで、「FinalCode」Ver.5.3では、新たに、PC上のフォルダーを丸ごと暗号化する「セキュアコンテナ」機能を搭載した。これにより、1つのファイル毎に暗号化するのではなく、ファイルが格納されているフォルダーそのものを丸ごと暗号化し、フォルダー自体をセキュアな領域と定義することで、フォルダーにある全てのファイルを並行して開くことが可能になる。
また、指定された権限の範囲で、これまで同様のセキュリティを担保し、「セキュアコンテナ」内のフォルダーやファイルは、「FinalCodeエクスプローラー」で閲覧でき、Windowsエクスプローラーのような操作を行うことができる。
「FinalCode」Ver.5.3では、AutoCAD、Illustrator、Photoshopアプリケーション対応を強化した。CADファイル、デザイン系ファイルを取り扱う業務においても、「セキュアコンテナ」を利用することが可能になるので、ファイル同士を参照しながら業務を行うことができる。
さらに、「ZIPファイル」においても、「セキュアコンテナ」の機能が利用できるようになった。これまでZIPファイル内のファイル編集は、一度ファイルを解凍し、編集後再びZIPファイル化が必要だったが、「暗号化されたZIPファイル」は「セキュアコンテナ」を使えば、「FinalCodeエクスプローラー」上で直接編集し、保存することが可能になる。
その他、「FinalCode」Ver.5.3から暗号化ファイルのメタ情報として「タグ情報」を付与することができるようになった。ファイルに対し単なるアクセスログ検索だけでなく、「タグ情報」によるファイル検索が可能になるため、ファイルの管理性の向上、「タグ情報」を使ったシステム連携を実現するという。